Инициатором строительства храма в 2007 году выступил генерал-лейтенант Щекотихин Виктор Михайлович (начальник Академии ФСО России с 2003 по 2011 гг.). Его вдохновителем на это благое дело был схиархимандрит Илий.
4 ноября 2007 года состоялась закладка первого камня по благословению архиепископа Орловского и Ливенского Паисия. На месте алтарной части строящегося храма была заложена капсула, в которой указано, при каком архиерее и когда было начато строительство данной церкви. На начальном этапе большую помощь в вопросах взаимодействия Академии ФСО России с Орловско-Ливенской епархией оказал сотрудник Управления кадров ФСО России полковник Козин Александр Александрович, ныне настоятель храма Святителя Николая Чудотворца протоиерей Александр (г. Севск, Брянская область).
Активная фаза строительства храма Казанской иконы Божией Матери началась после разработки проекта. Начальный этап строительства храма, его проектирование и нулевой цикл были осуществлены за счет пожертвований сотрудников Академии ФСО России и членов их семей.
В конце 2011 года строительство было приостановлено в связи с изменениями в законодательстве, а также с отсутствием полноценного финансирования.
В ноябре 2011 года рядом с местом возведения храма была размещена временная часовня, первый молебен в которой был совершен Высокопреосвященнейшим Архиепископом Орловским и Ливенским Антонием.
В 2014 году силами прихода был возведен временный храм в честь Преподобного Сергия Радонежского, в котором регулярно совершались богослужения.
В сентябре 2016 года приход получил в собственность объект незавершенного строительства — недостроенный храм.
В 2017 году по решению директора ФСО России Кочнева Дмитрия Викторовича строительство храма по обновленному проекту было возобновлено. Новый проект предполагал шестикупольное здание с колокольней, воскресную школу и детскую площадку на территории единого комплекса.
Важное событие в процессе возведения храма состоялось
14 декабря 2018 года, когда было совершено освящение колоколов и крестов.
Молебен на освящение накупольных крестов по благословению митрополита Орловского и Болховского Антония возглавил архиепископ Солнечногорский Сергий, викарий Святейшего Патриарха Московского и всея Руси.
С помощью спецтехники на купола были подняты кресты. Это стало вестником того, что возведение храма находится на завершающей стадии.
Летом 2019 года от Офицерского собрания Академии ФСО России в дар храму была передана икона Михаила Архангела, который с древних времен считается покровителем воинства, защитников и борцов, служащих верой и правдой своей земле и государству.
В сентябре 2020 года были завершены все наружные и внутренние строительные работы в соборе. В его цокольном этаже разместились крестильный храм, трапезная, кухня, музей и подсобные помещения для прихода.
С мая по сентябрь 2021 года были выполнены росписи интерьеров в палехском стиле.
17 октября 2021 года, в Неделю 17-ю по Пятидесятнице, Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл посетил Орёл. В состав официальной церковной делегации, прибывшей в Орел, вошли:
управляющий делами Московской Патриархии митрополит Воскресенский Дионисий; личный секретарь Святейшего Патриарха Кирилла архимандрит Алексий (Туриков); руководитель Патриаршей службы протокола протоиерей Андрей Бондаренко.
Утром по благословению Его Святейшества митрополит Воскресенский Дионисий совершил чин великого освящения храма в честь Казанской иконы Божией Матери в микрорайоне Наугорский г. Орла и Божественную литургию в новоосвященном храме.
Богослужебные песнопения исполнил мужской хор Богоявленского собора Орла (регент — диакон Роман Родионов).
На сугубой ектении были вознесены молитвенные прошения о избавлении от распространения коронавирусной инфекции. После сугубой ектении митрополит Дионисий вознес молитву, во время распространения вредоносного поветрия чтомую.
Проповедь перед причастием произнес протоиерей Сергий Гаврюшин, клирик Богоявленского собора г. Орла, настоятель храма великомученика Георгия Победоносца на территории в/ч 03013.
Были освящены три престола: центральный — в честь Казанской иконы Божией Матери, северный — в честь преподобного Сергия Радонежского, престол крестильного (нижнего) храма — в честь благоверного князя Димитрия Донского.
Среди прихожан храма во имя Казанской иконы Божией Матери — жители Наугорского микрорайона г. Орла, преподаватели и курсанты расположенной рядом Академии Федеральной службы охраны Российской Федерации.
Прибывшего в г. Орел Святейшего Патриарха Кирилла у врат Казанского храма встречали: митрополит Орловский и Болховский Тихон и губернатор Орловской области А.Е. Клычков.
Предстоятель Русской Православной Церкви завершил чин великого освящения храма, прочитав молитву и окропив храм святой водой.
Его Святейшеству сослужили:
митрополит Воскресенский Дионисий; митрополит Орловский и Болховский Тихон; митрополит Смоленский и Дорогобужский Исидор; епископ Ливенский и Малоархангельский Нектарий; схиархимандрит Илий (Ноздрин); протоиерей Василий Иванов, благочинный Центрального округа Орловской епархии, настоятель Богоявленского собора
г. Орла; протоиерей Владимир Герченов, благочинный Мценского округа Орловской епархии, настоятель Свято-Троицкого храма г. Мценска; протоиерей Виктор Яковец, благочинный Ливенского округа Ливенской епархии; настоятель Сергиевского кафедрального собора г. Ливны; духовенство Орловской митрополии.
По окончании богослужения митрополит Орловский и Болховский Тихон приветствовал Святейшего Владыку и преподнес Его Святейшеству икону священноисповедника Георгия Коссова с частицей мощей этого святого.
Предстоятель Русской Православной Церкви обратился к верующим с Первосвятительским словом.
В дар новоосвященному храму Святейший Патриарх Кирилл передал образ благоверного князя Александра Невского с Феодоровской иконой Божией Матери.
Митрополиту Тихону в благословение на труды Предстоятель Русской Церкви вручил панагию.
